为了阻止圣殿骑士抹除自由意志，现代刺客必须穿越到法国大革命时期，刺杀一个“不该死的人”。
现代刺客组织通过Animus技术发现，圣殿骑士计划回到1793年的巴黎，刺杀一位名叫“埃莉斯”的女科学家——因为她是第一个提出“思想自由不可被算法取代”的人。如果她被杀死，人类将在两百年后全面进入思想被AI控制的赛博朋克社会。刺客主角林奇穿越到雅各宾派恐怖统治时期的巴黎，却发现自己要保护的埃莉斯其实是个狂热革命者，正准备处决一群无辜贵族。林奇陷入两难：保护一个未来会拯救人类但当下可能滥杀无辜的人，还是遵循刺客信条“不杀无辜”？最终他选择利用贵族越狱事件制造混乱，让埃莉斯在救人过程中理解生命的重量，自己则代替她被送上断头台。
完美还原了游戏中跑酷与潜行的爽感，大革命时期巴黎街头的场景还原堪称艺术品。剧情对“自由”与“秩序”的探讨深入骨髓，最后的牺牲结局将刺客信条的内涵提升到了哲学高度。
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